・高知大学
農学部・農学専攻
理学部・理学専攻
黒潮圏科学専攻
海洋コア総合研究センター
・北海道大学
北方生物圏フィールド科学センター水圏ステーション厚岸臨海実験所
北方生物圏フィールド科学センター水圏ステーション室蘭臨海実験所
・東北大学
浅虫海洋生物学研究センター
・新潟大学
佐渡臨海実験所
・金沢大学
自然計測応用研究センター生物多様性部門臨海実験施設
・信州大学 山地水環境教育研究センター
・茨城大学 広域水圏環境科学教育研究センター
・お茶の水女子大学 湾岸生物教育研究センター
・筑波大学 下田臨海実験センター
・東京大学 三崎臨海実験所
国際沿岸海洋研究センター
・名古屋大学
菅島臨海実験所
・京都大学
生態学研究センター
フィールド科学教育研究センター舞鶴水産実験所
フィールド科学教育研究センター瀬戸臨海実験所
・神戸大学
内海域機能教育研究センター
・岡山大学 牛窓臨海実験所
・島根大学 生物資源教育研究センター隠岐臨海実験所
・広島大学
向島臨海実験所
・愛媛大学 沿岸環境科学研究センター中島マリンステーション(閉鎖)
・熊本大学 沿岸域環境科学教育研究センター
・九州大学 天草臨海実験所
・琉球大学
熱帯生物圏研究センター瀬底実験所