当施設の敷地は，7,381㎡あり，建物は，実験研究棟（本館），宿泊施設棟（別館），飼育実験棟，水槽棟，機械室（海水汲み上げポンプ室）などが あります（ 下の建物案内図参照）．本館には学生実験室および共同利用実験室があります． 別館には和室2，大学院生，学部生用に洋室12（64名）の宿泊室および図書室などがあります．
水族飼育実験棟には容量の移動可能な水槽があ ります．また，海面養殖施設があります．
当施設では，以下の船舶を所有しています．
| 船名 | トン数 | エンジン | 定員 |
| 豊旗丸 | 19 | 400PSディーゼル機関 | 40 |
| ネプチューン | 5.4 | 350PSディーゼル機関 | 14 |
| はまゆう | 2 | 82PSディーゼル機関 | 12 |
| トリトン | 1 | 船外機 | 5 |
研究機器は，海洋観測機器，各種採集機器，実習用および研究用顕微鏡などを備えており，利用者に貸し出すことができます．
2. 停電対策装置格納庫
3. 宿泊棟（別館）
4. 自動車用車庫
5. 実験・研究棟（本館）
6. 濾過・機械室棟
7. 水槽棟
★上記の配置図をクリックっ！してください★建物の詳細がご覧いただけます．