プロテオーム解析の１つとしてPeptide Mass Fingerprint法が未知タンパク質の同定に有効な手段としてよく使われている。
２次元電気泳動などで分離したタンパク質スポットをproteaseでin-gel digestionし、マス解析を行い、そのペプチドの質量から、Mascot, Protein Pilotなどのソフトでそのタンパク質を同定する。
マトリックス支援レーザー脱離イオン化（Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization, MALDI）法を用いた AB SCIEX MALDI-TOF/TOF5800 とエレクトロンスプレーイオン化（ElectronSpray Ionization; ESI）法を用いた Thermo Fisher Scientific Xcalibur LC-Mass の２機種が設置されている。
使用に関しては、使用許可制となっており、担当者からよく説明や研修を受けた上で必要書類を提出後使用して下さい。
使用許可制
マトリックス支援レーザー脱離イオン化（Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization, MALDI）法を用いた AB SCIEX MALDI-TOF/TOF5800.
複数のペプチドが混在しているサンプルのprotease digestを、nanoLCで分離してマトリックスとともにサンプルプレートにスポットすることができる。
エレクトロンスプレーイオン化（ElectronSpray Ionization; ESI）法を用いたThermo Fisher Scientific Xcalibur Finningan LTQ LC-Mass.
スプリットレス高耐圧ナノLCシステム (AMR社製 ADVANCE UTLC)
複数のペプチドが混在しているサンプルをオートサンプラーからHPLC分離し、Xcaliburにスプレーする。
