１．分類学に関するおもな用語 更新日：2017.4.14
taxonomy 分類学，生物分類（学）：生物を記載し，命名し，分類する（classify）ことの理論と実際．
「生物多様性を認識・解明するために行う分類の理論と実践のこと．種を一応の単位として生物多様性を発見し，記載・命名し，それを秩序立てて類別し，整理・体系化することが主体となる」（岩波生物学辞典第５版より）
(from the Greek taxis, meaning arrangement, and nomos, meaning law)
The description and classification of living things, and the theoretical principles behind classification.
systematics 体系学：系統的な相互関係に重点を置いて，生物を階層的な生物グループに分類する（classify）こと．
The branch of biology that deals with the diversity of organisms in relation to their classification.
taxon（単数形）タクソン， taxa（複数形）タクサ =分類群（taxonomic group） ＊日本語では単複の区別はできない
(From the Greek taxis, meaning arrangement.) Any recognizable unit of classification. A monophyletic group of organisms (or lower taxa) that can be recognized by sharing a definite set of characters.
＊ 分類学的単位のことで，名前の有無にかかわらない．すなわち，互いに系統類縁関係をもつことが通常推定され，かつ，その単位（たとえば，ある地理的個体群，ある属，ある科，ある目）を他のそういった単位から識別する形質を共有する複数の生物で構成された個体群１つまたは個体群の集合．あるタクソンは，それが包含するより低い階級にあるすべてのタクソンと生物個体とで構成される．動物命名規約では，上科と亜種，およびその間に位置する階級群に属するタクソンについてだけ，その学名を完全に規制する．
「他から区別され，それぞれ個別の単位として扱われる分類学上の生物の群．通常各タクソンは階層構造をなした階級のどれかに位置づけられ，固有の名称が与えられる．...」（岩波生物学辞典第５版より）
classification：分類，分類体系（classify：分類する） 「ある事物を認識するため，その構成要素の個々に特定の名称を与えて区別し，それをなんらかの観点で整理し体系化すること．...」（岩波生物学辞典第５版より）
Biological classification is the process of grouping living things on the basis of features they have in common, or on the basis of their ancestry, or of both. The word “classification” is also used for the resulting arrangement of living things into groups.
phylogeny：系統，系統発生 あるいは系統学，phylogenetics：系統学
(From the Greek phylon, meaning tribe, and genesis, meaning origin)
The phylogeny of a particular group of organisms is its evolutionary history. The study of phylogeny is called “phylogenetics”.
系統学「生物のもつ形質を分析することで，生物間の系統関係を明らかにしようとする学問．C. Darwin 以来，生物進化が学問的に認められるようになって生じた．進化の結果として存在する生物の比較研究にはそれらの系統関係に関する知見が不可欠で、系統学はこの知見を提供する学問分野である．通常，形質の系統関係が推定され，それに基づいて生物の系統関係が推定される．...」（岩波生物学辞典第５版より）
Linnean hierarchical classification system, Linnean hierarchy,
Linnean sequence：リンネ式階層分類体系 分類階級のおもな種類
*Linnean: Named for the Swedish naturalist Carolus Linnaeus (1707–1778), who invented the binominal classification system.
*Linnean sequence is the series of formally recognized categories of names. In order of increasing inclusiveness, these categories are species, genus, family, order, class, division (plants) or phylum (animals) and kingdom. (+domain)
命名，命名法 nomenclature 生物学的種概念 biological species concept
species：種（単複同じ）Groups of interbreeding natural poplulations that are reproductively isolated from other such groups.
＊「種」の概念 (species concept) はMayden (1997) によると少なくとも22もある．．．
biological ~; genetic ~; evolutionary ~; morphological ~; typological ~.
subspecies: 亜種（単数同じ）生物分類のリンネ式階層生物分類体系において，種の直下におかれる階級ないしその階級にあるタクソン．固有の特徴を共有し，特定の地域に分布する集団全体を指す．同種内の異なる亜種は，お互いに重なり合わない分布域を占め，潜在的に交配可能．日本列島に生息する大型哺乳類はこの例で，大陸産の同種とは異なる亜種に分類される．しかし，どのような地域集団を亜種と見るかについては客観的な基準が存在せず，亜種の指定が恣意的に行われる結果となることに対する批判もある．国際動物命名規約では，亜種は種よりも下位の階級として唯一のもので，属名と種小名のあとに亜種小名を付した三語名で表す．亜種をもつ種を多型種（polytypic species)と呼び単型種（monotypic species）と対置させる．国際藻類・菌類・植物命名規約では，種より下位の階級として亜種のほか変種や品種などが認められている．このため，亜種名の前には subsp.を付して，階級を明示する（岩波生物学辞典第５版より）
biological species：生物学的種
Groups of actually or potentially interbreeding natural populations genetically isolated from other such groups by one or more reproductive isolating mechanisms.
morphospecies：形態学的種 *morphology 形態学
A species established solely on morphological characters.
typological species 類型学的種 *typology 類型学
A species defined on the characters of the type specimen.
arpha taxonomy：α（アルファ）分類学 ＊種の分類，記載，命名
The level of taxonomy concerned with the characterization and naming of species; descriptive taxonomy.
beta taxonomy：β（ベータ）分類学 ＊生物間の系統
The level of taxonomy concerned with the arrangement of species into a natural system of lower and higher taxa; macrotaxonomy.
gamma taxonomy：γ（ガンマ分）類学 ＊種内の変異，種の実態，種分化
The level of taxonomy dealing with various biological aspects of taxa, ranging from the study of intraspecific populations to studies of speciation and evolutionary rates and trends.
microtaxonomy：ミクロタクソノミー ＊種レベルの分類学
The descrimination of species and their subdivisions; taxonomy at the species level.
macrotaxonomy：マクロタクソノミー ＊種レベルより上位の分類学
The classification of higher taxa.
記載 description：A full statement of the character states of taxon.
判別文，標徴 diagnosis：A formal statement of the character states which distinguish one taxon from another; difinition.
形質（個体の属性あるいは特徴）character：In classification, it is any feature whose expression can be measured, counted otherwise assessed.
形質状態 characteristic, character state：
Any of the range of values, conditions or expressions of a particular taxonomic characters
変異 variation：
1. The divergence of structural and functional characteristics within a group, in particular those not attributable to differences in age, sex or life history stages.
2. The spread or dispersion of values about the mean.
性的二形 sexual dimorphism： Marked phenotypic differences between males and females of the same species.
種分化 speciation： The formation of new species; the splitting of a phylogenetic lineage; acquisition of reproductive isolating mechanisms producing discontinuities between populations; cf. allochronic ~, allopatric（異所的）~, parapatric ~, sympatric（同所的）~.
homology, homologous, homologue：相同（ホモロジー） ，相同形質
＊相同形質（homologue) 2つの分類群における２つの形質同士が，両者の祖先に見られる形質と同じ場合や，あるいは片方が先存形質で，もう一方が新形質として記載されるような祖先-子孫関係をもつ異なる形質の場合がある（ワイリーほか，宮正樹訳，1992.系統分類学入門−分岐分類の基礎と応用−．文一総合出版，東京．201pp.より)
変換系列（transformation series)：相同形質の集合．
homoplasy：非相同，非相同同形，同形性，異源同構造（ホモプラシー）*相似，類似
parallelism：平行現象（＝parallel evolution：平行進化）
＊異なる祖先の同じ形質から生じ，相同のように見えるが相同ではない
convergence：収斂
＊異なる起源の異なる形質から相同と区別のつきにくい形質が生じる
＊同形形質（homoplasy) ２つの分類群が共有するよく似た形質であるが，相同形質の基準を満たさないもの（ワイリーほか，1992)
２．系統学に関する用語
phenetics, phenetic classification：表形学，表形分類 ＊phenetists 表形学者
A system of classification in which the organisms are grouped together on the basis of their overall similarity*. *総類似度，総体的類似度 ＊phenotype は表現形
numerical taxonomy：数量分類学；numerical phenetics：数量表形学
★表形分類では基本的にすべての形質を等価と見なし，形質の共有を数量的に処理してグルーピングするため，数量分類学とも呼ばれる．
dendrogram：デンドログラム；phenogram：表形図 ＊類似度を表す樹形図
evolutionally taxonomy 進化分類 ＊分岐学と表形学の折衷といえる分類．
＊分岐（共通祖先）と分化の程度（類似性）に基づき，側系統群も認める．
orthodox classification：伝統的分類
A system of classification in which organisms are grouped on the basis of features that seem to reflect their common ancestry.
cladistics, cladistic classification：分岐学，分岐分類 ＊cladists 分岐学者
A system of classification in which the only groups formally recognized are clades.
★分岐分類では，共有派生形質で支持される単系統群に基づいてグルーピングする．祖先形質の共有は系統関係を示さない．内群と外群を含めたグループを最節約法で解析し，系統関係を推定する（内群の形質の極性も推定される）．
向上進化 anagenesis を認めず，分岐進化 cladogenesis のみを認める．
cladogram：分岐図 ＊タクサ間の枝分かれ（分岐）関係だけを表現した樹形図
evolutionary tree：系統樹 ＊分岐図に時間軸が入ると系統樹になる
A type of branching diagram, sometimes with a time axis, that represents the presumed evolutionary history of the organisms involved.
clade：クレード，クレイド（単系統群）；monophyly 単系統; monophyletic group 単系統群； holophyletic group 完系統群
grade：グレード，グレイド（非単系統群，段階群）；paraphyly 側系統，paraphyletic group 側系統群；polyphyly多系統，polyphyletic group 多系統群
＊一般的なレベルにおいての体制が類似している動物群のことをグレイド（grade）と呼び，これに対して単一の祖先種から由来したあるひとつの系統発生の全体部分を占める動物群のことをクレイド（clade）と呼んで区別する（馬渡, 1994）．
parsimony：最節約；polarity：極性；ingroup：内群；outgroup：外群；outgroup comparison：外群比較（法）；sister group：姉妹群；sister relationship：姉妹群関係
外群比較（outgroup comparison）
岩波生物学辞典第５版では...「系統推定における，対象生物群（内群 ingroup）に対して最も近縁であると仮定される種または種群（外群 outgroup）との比較に基づいた形質極性の決定法．外群を解析に含めることにより，内群根（内群系統樹全体の共通祖先）の位置を決めることができる．分岐学の初期の理論では，まず初めに外群のもつ形質状態に基づいて内群の形質状態の極性すなわち原始的形質状態と派生的形質状態の判定を行う．次にあらかじめ判定された形質の極性に基づいて、派生的形質状態を共有する種を単系統群としてまとめる．外群比較の論理的根拠は最節約原理と呼ばれるもので，内群根に連なる枝での仮想的形質状態（内群での極性判別の基準）を外群の形質形質分布から最節約的に推定しているからである．W.P. Maddison, M.J. Donoghue & D.R. Maddison (1984)とD.L. Swofford & W.P. Maddison (1987)は，外群比較に基づく無い群の推定が，内群と外群をあわせた群に対する極性判定を行わない最節約的な系統推定と論理的に等価であることを証明した．したがって，特に制限酵素の切断部位や核酸の塩基配列など極性判定が困難な分子データからも分岐分類学に基づく最節約系統推定が可能になった．なお，それがある内群に対する外群であるかどうか，さらに高次の系統の中で検証すればよいから，外群を前提とする系統推定は論理循環（トートロジー）ではない．」
apomorphic, derived or advanced characters or apomorphy：派生形質，子孫形質，新形質
synapomorphy：共有派生形質，共有新形質
岩波生物学辞典第５版では...「外群比較法などを用いて極性の推定をした結果，派生的と判定された形質状態（派生的形質状態）を複数の種が共有すること，またはその形質状態のこと．共有原始形質と対する．W. Hennig (1949, 1950)の造語．分岐分類学では共有派生形質だけが系統関係を推定する情報を与えると主張される．推定された共有派生形質を共有する種群を生んだ直接共通祖先を仮定できるからである．したがって，共有派生形質は単系統群（正確には完系統群）を構築する手掛かりとなる．ここで，もしも形質分布に不整合が生じたときには，いくつかの形質の派生的形質状態は，ある共通祖先からではなく別々の枝で進化したホモプラシーであると考えなければならない．共有派生形質という仮説の妥当性は，最節約原理に基づいて選択された系統仮説，すなわち分岐図との整合性によって検証される．」
autapomorphy：固有派生形質
岩波生物学辞典第５版では...「系統推定において，ある末端種（群）だけに観察される派生的形質状態．固有派生形質はその種（群）の識別以外の系統的情報はもたない．ただし，進化分類学では，固有形質はその種（群）が新たな適応域に進入したことを示す指標となりうるとして，残された種群を側系統と認知する基準として利用することがある．」
plesiomorphic, ancestral or primitive characters or plesiomorphy：原始形質，祖先形質， 旧形質
symplesiomorphy：共有原始形質，原始形質共有，共有祖先形質，祖先形質共有
岩波生物学辞典第５版では...「外群比較法などを用いて極性の推定をした結果，原始的と判定された形質状態（原始的形質状態）を複数の種が共有すること，またはその形質状態のこと．共有派生形質と対する．W. Hennig (1949, 1950)の造語．分岐分類学では，共有派生形質とは異なり，この共有原始形質にはそこから系統関係を推定できる情報はないとみなされている．もっとも，原始性，派生性という区別は相対的なものであり，原始的と判定された共有形質状態も，より高次の系統では派生的状態と認識されることから，そのレベルでは系統的情報をもっている」
３．動物地理学に関する用語
biogeography：生物地理学 zoogeography：動物地理学
vicariance biogeography：分断生物地理学（分断分布，異所的不連続化）
phylogeography：系統地理学，系統生物地理学
＊分子系統解析の手法をもちいて，種内や近縁種における系統の地理的分布を調べる．
allopatric speciation：異所的種分化 sympatric speciation：同所的種分化
parapatric speciation：側所的種分化 geographic variation：地理的変異
4. 動物の学名に関する用語 国際動物命名規約の用語集についてはこちら
zoological nomenclature：動物命名法 動物のタクソンThe international code of ~
binominal nomenclature：二語名法（二名法）describe：記載する description：記載
type：タイプ ＊単独で，あるいは複合語の一部を構成し，ある特定の種類の標本またはタクソンを示す
type series：タイプシリーズ ＊原著者がある新しい名義種階級群タクソンの基礎とした一連の複数標本のこと
holotype：ホロタイプ（完模式，完模式標本，正基準標本，正タイプ標本とされた）
＊ある名義種または名義亜種が設立された時にその担名タイプとして指定されるか，またはその他の方法で固定された唯一の標本（ただし，ハパントタイプの場合を除く）
paratype：パラタイプ（副模式，副模式標本，副基準標本，従基準標本とされた）
syntype：シンタイプ ＊これまでホロタイプもレクトタイプも指定されたことがないタイプシリーズの各々の標本．一連のシンタイプはひとまとまりでひとつの担名タイプを構成する
lectotype：レクトタイプ ＊ある名義種または名義亜種の設立後，シンタイプのなかから唯一の担名タイプ標本として指定されたもの
paralectotype：パラレクトタイプ ＊それまで一連のシンタイプであった複数の標本において，レクトタイプが１つ指定された後に残った各々
neotype：ネオタイプ ＊ある名義種または名義亜種において，それを客観的に定義する必要がありながら，担名タイプが全く現存しないことが信じられる場合に，担名タイプとして指定される唯一の標本
name-bearing type：担名タイプ ＊タイプ属，タイプ種，ホロタイプ，レクトタイプ，一連
のシンタイプ（まとめてひとつの担名タイプを構成する）あるいはネオタイプ．これらは，
ある名義タクソンの学名の適用を決定することができる客観的な参照基準を提供する．
type genus：タイプ属 ＊科階級群（上科，科，亜科など）の担名基準となる属
type species：タイプ種 ＊属階級群（属や亜属）の担名基準となる種
synonym：異名（シノニム，同物異名）senior– 古参〜 先に設立されたもの，junior– 新参〜 後で設立されたもの
synonymy：異名関係 あるいは異名リストのこと
homonym：同名（ホモニム）senior– 古参〜 junior– 新参〜 homonymy：同名関係
参考文献
藤田敏彦．2010．新・生命科学シリーズ 動物の系統分類と進化．裳華房．196pp.
Lincoln, R., G. Boxshall and P. Clark. 1998. A dictionary of ecology, evolution and sustematics. Second edition.
Cambridge University Press. *ISBN 0 521 43842 X paperback
馬渡峻輔．1994．動物分類学の論理．多様性を認識する方法．東京大学出版会．233 pp.
馬渡峻輔．2006．図解生物学30講［動物編］２．動物分類学30講．朝倉書店．178 pp.
生物科学．2008. 特集：種についての終わりなき論争．59巻４号，農文協．＊2008年５月
遠山 益．2006. 生命科学史．裳華房．217 pp.