1984年1期生が卒業と同時に開設された大学院ですが、医局入局者のうち、約1/3のものが進学しています。原則として初期研修を終えて進学するのが望まれますが、卒業後ストレートで進学も可能であり、国内留学や本学基礎医学教室との連携も含めて研究を進めています。研究内容は、尿路性器癌、尿路感染症、尿路上皮形態、内分泌等々多岐に渡っています。