★リスト改訂中です．現在2,117 種を掲載しています (更新日：2021/12/22)
*カッコ内の数字は各分類群の種数を示します．分類体系と和名の改称は，中坊，編（2013）「日本産魚類検索全種の同定」第三版に従います．

Class Myxini ヌタウナギ綱 (4)
　　Order Myxiniformes ヌタウナギ目 (4)+1

Class Cephalaspidomorphi 頭甲綱 (2)
　　Order Petromyzontiformes ヤツメウナギ目 (2)

Class Chondrichthyes 軟骨魚綱 (120) +5
　Subclass Holocephali 全頭亜綱 (5) +1
　　Order Chimaeriformes ギンザメ目 (5)+1
　Subclass Elasmobranchii 板鰓亜綱 (115) +9
　　Order Heterodontiformes ネコザメ目 (2)
　　Order Orectolobiformes テンジクザメ目 (5)-1
　　Order Lamniformes ネズミザメ目 (8) +1
　　Order Carcharhiniformes メジロザメ目 (28) +2
　　Order Hexanchiformes カグラザメ目 (4)
　　Order Echinorhiniformes キクザメ目 (2)+1
　　Order Dalatiiformes ヨロイザメ目 (10)
　　Order Centrophoriformes アイザメ目 (4)
　　Order Squaliformes ツノザメ目 (5) +2
　　Order Squatiniformes カスザメ目 (3) +1
　　Order Pristiophoriformes ノコギリザメ目 (1)
　　Order Rajiformes エイ目 (43) +3
Class Osteichthyes 硬骨魚綱 (1983) +185
　Subclass Actinopterygii 条鰭亜綱
　　Order Elopiformes カライワシ目 (2)
　　Order Albuliformes ソトイワシ目 (2)
　　Order Notacanthiformes ソコギス目 (4)+2
　　Order Anguilliformse ウナギ目 (95)+12
　　Order Clupeiformes ニシン目 (12)+1
　　Order Gonorynchiformes ネズミギス目 (2)
　　Order Cypriniformes コイ目 (33)
　　Order Siluriformes ナマズ目 (5) -1
　　Order Argentiniformes ニギス目 (13) +2
　　Order Salmoniformes サケ目 (7)
　　Order Stomiiformes ワニトカゲギス目 (39) +6
　　Order Ateleopodiformes シャチブリ目 (1) -2
　　Order Aulopiformes ヒメ目 (35) +3
　　Order Myctophiformes ハダカイワシ目 (20)
　　Order Lampridiformes アカマンボウ目 (9)
　　Order Polymixiiformes ギンメダイ目 (3)
　　Order Gadiformes タラ目 (53)+3-2
　　Order Ophidiiformes アシロ目 (30) +6
　　Order Lophiiformes アンコウ目 (35) +5
　　Order Stephanoberyciformes カンムリキンメダイ目 (2)
　　Order Beryciformes キンメダイ目 (30) +1
　　Order Zeiformes マトウダイ目 (10)
　　Order Gasterosteiformes トゲウオ目 (43) +4
　　Order Mugiliformes ボラ目 (10)
　　Order Atheriniformes トウゴロウイワシ目 (6)
　　Order Cyprinodontiformes カダヤシ目 (1)
　　Order Beloniformes ダツ目 (25)+2
　　Order Perciformes スズキ目 (1129)+126
　　　*Suborder Scorpaenoidei カサゴ亜目ほか (164)+21
　　Order Pleuronectiformes カレイ目 (83) +4
　　Order Tetraodontiformes フグ目 (88)

　　*Order Lepisosteiformes (1)
　　　　Family Lepisosteidae
　　　　　Lepisosteus osseus (Linnaeus) ロングノーズ・ガー R. Shimanto

参考文献

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(ENDO, Hiromitsu 遠藤広光）